作为全球首家农业特色孔子学院，埃格顿大学孔子学院依托南京农业大学和埃格顿大学雄厚的农业学科优势，积极开展农业人才培养、农业科研、农业技术推广等工作，对促进中肯农业交流和肯尼亚农业发展发挥了重要作用。孔子学院采取中外专家结合、多元渠道筹集经费的模式，每年举办农业技术培训班，并建有中肯作物分子生物学实验室、中肯农业科技示范园区等农业合作项目。

2014年以来，以肯尼亚为主同时面向坦桑尼亚、乌干达、卢旺达等东非国家，举办园艺作物栽培技术、园艺作物病虫害防治、温室技术、半干旱农业生产技术等农业技术培训班10期，培训政府高级农业官员、大学青年骨干教师、农业技术推广人员、大型农业企业技术人员、示范农户等355人。